羽黒山社殿は合祭殿造りですが羽黒派古修験道独自のもので主に杉材を使用し内部は総朱塗りの萱葺きの豪壮な建物です。
現在の合祭殿は文政元年（1818）に完成した。建設当時は赤松脂塗であったが、昭和45年～47年にかけ開山1,380年記年奉賛事業の一環として塗替修復工事が行われ、現在に見るような朱塗りの社殿となった。

当時工事に動員された大工は35,138人半を始め木挽・塗師・葺師・石工・彫物師その他の職人合わせて55,416人、手伝人足37,644人、これに要した米976余石、建設費5,275両2歩に達した。この外に多くの特志寄付を始め、山麓郷中の手伝人足56,726人程が動員された。

33個見つけると願い事がかなうとされる言い伝えがあります。彫り物探しをしながら歩けるなど遊び心満載。
盃やひょうたん、蓮の花等　

1.山伏案内、団体祈祷
●予約（要）／TEL.0235-62-2356
●内容／羽黒山頂駐車場より、参拝者の方全員に「お注連（しめ）」というものを首に掛けていただき、山伏が先達して山頂各所を巡拝、三神合祭殿へ至り昇殿、団体祈祷を受ける。
●所要時間／羽黒山頂着より出発まで約一時間
20名まで 1回／16,000円
21名より 1名毎／800円

2.個人祈祷
●初穂料／平成26年4月1日から1件5,000円より（祈祷札に願意、氏名を記入）
※昇殿参拝等の折に申し込みがあれば同時に行います。
※団体等で個人祈祷を受けられる時は、前もって名簿を神社に郵送又はFAXいただければ御来山と同時に祈祷が出来ます。
注：祭典や挙式が斎行される時間帯は、御本殿でのご祈祷が斎行できません。場合によっては、約１時間前後お待ち頂くことがございますのでご了承下さい。

3.太々神楽祈祷
●予約（要）／TEL.0235-62-2356
●初穂料／50名まで一座200,000円（50名以上→1名毎4,000円）
●太々神楽所要時間／約40分

4.小神楽祈祷
●予約（要）／TEL.0235-62-2356
●初穂料／30名まで一座90,000円（30名以上→1名3,000円）
●小神楽所要時間／約30分

5.出羽三山歴史博物館
●開館時間／午前8時30分～午後4時30分（入館は午後4時まで）
●開館期間／4月29日（4月中は除雪状況による）～11月23日
定休日毎週木曜日（但し、7月～8月中は無休）
大人 300円(税込)
高・大学生 200円(税込)
小・中学生 無料

俳聖・芭蕉と出羽三山
元禄二年（一六八九）盛夏、俳聖・松尾芭蕉は「奥の細道」行脚（あんぎゃ）の途次（とじ）、羽黒山南谷（みなみだに）などに七泊し出羽三山を登拝して念願の“奥詣で（おくもうで）”をはたされ、山内で蕉風の真髄・「不易流行」説を感得（かんとく）しました。